Vznik českého Národního muzea úzce souvisí s národním obrozením. Jádrem sbírek se staly soukromé kolekce

V roce 1818 skupina osvícenských šlechticů vydala provolání o založení muzea a dosáhli jeho potvrzení vídeňskou vládou i panovníkem.

Byla ustavena Společnost vlasteneckého muzea v Čechách a jejím prvním předsedou se stal hrabě Kašpar Maria ze Šternberka, uznávaný paleontolog. Další významnou postavou byl František Palacký, který přispěl svými organizačními schopnostmi. Stal se prostředníkem mezi aristokratickými a přísně vědeckými tendencemi zakladatelů na jedné straně a požadavky vlastenecky naladěné veřejnosti na straně druhé. Stál i u zrodu Časopisu Národního muzea, vydávaného dodnes.

Jádrem sbírek se staly soukromé kolekce, například od Joachima Barranda. Z provizorních úložišť se roku 1891 přesunuly do nové honosné budovy, kterou Navrhl Josef Schulz. Stala se dominantou Václavského náměstí a v roce 2018 byla po několikaleté rekonstrukci slavnostně znovuotevřena.